Nấm mốc có mặt ở khắp nơi, và bào tử của chúng là thành phần thường thấy của các loại bụi trong nhà và nơi làm việc; tuy nhiên, khi bào tử mốc hiện diện với lượng lớn, chúng có thể là một mối nguy hại đến sức khỏe con người, có tiềm năng gây ra các phản ứng dị ứng và các vấn đề về hô hấp.

Một số loài mốc cũng sinh ra độc tố nấm (mycotoxin) mà có thể là những rủi ro đến sức khỏe con người và động vật. Một vài nghiên cứu khẳng định rằng việc tiếp xúc với độc tố nấm liều cao có thể dẫn đến các vấn đề về thần kinh và một số trường hợp là tử vong.[16] Tiếp xúc lâu dài, ví dụ như hàng ngày ở nhà, có thể gây hại nhiều. Nghiên cứu trên những ảnh hưởng sức khỏe từ mốc vẫn chưa được kết luận.[17] Thuật ngữ “mốc độc hại” nói đến các loài mốc sinh ra độc tố nấm, chẳng hạn như Stachybotrys chartarum, và không nói đến toàn bộ nấm mốc.[18]

Nấm mốc ở trong nhà thường có thể được tìm thấy ở những nơi ẩm ướt, tối tăm, ví dụ như phòng tắm hay nhà bếp, kho chứa đồ bừa bộn, những khu vực vừa bị lũ lụt, khu vực tầng hầm, khu vực có hệ thống đường ống nước, khu vực hạn chế lưu thông không khí và ở bên ngoài môi trường ẩm ướt. Các triệu chứng gây ra bởi dị ứng nấm mốc là mắt bị kích thích và chảy nước, ho mãn tính, đau đầu hoặc nhức nửa đầu, khó thở, ngứa ngáy, mệt mỏi, các vấn đề về xoang, nghẹt mũi và nhảy mũi thường xuyên.

Nấm mốc cũng có thể là một mối nguy hiểm đến người và động vật nếu ăn phải một số loài khi chúng phát triển trên thực phẩm. Một số loài tạo ra chất chuyển hóa thứ cấp, gọi chung là độc tố nấm, bao gồm Aflatoxin, Ochratoxin, Fumonisin, Trichothecene, Citrinin, và Patulin. Tính chất của những độc tố nấm có thể được sử dụng vì mục đích có lợi cho con người khi mà độc chất được sử dụng chống lại các sinh vật khác; ví dụ như Penicillin có thể ảnh hưởng đến sự phát triển của vi khuẩn Gam dương (như Clostridium), spirochete và vài loài nấm